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用于防止cDNA合成過程中轉換寡核苷酸的重復添加和非特異性引物延伸的組合物及其使用方法

文檔序號:41984981發布日期:2025-05-23 16:41閱讀:192來源:國知局
技術特征:

1.一種模板轉換寡核苷酸(tso),其包含:

2.根據權利要求1所述的tso,其中所述tso包含3’端修飾。

3.根據權利要求1所述的tso,其中所述tso包含5’端修飾。

4.根據權利要求1所述的tso,其中所述tso包含3’端修飾和5’端修飾兩者。

5.根據權利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾是核苷酸糖修飾或核堿基修飾。

6.根據權利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾選自由去除3’羥基的修飾和阻斷3’羥基的修飾組成的組。

7.根據權利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾選自由以下組成的組:3’ddt、3’ddu、3’反向dt、3’c3間隔子、3’氨基、被高碘酸鹽氧化的3’ru、3’磷酸化、3’氟代、3’醛、3’羧酸或羧酸酯、3’硫醇基、3’o-甲基、3’疊氮基、3’炔烴、3’烯烴、3’(ch2)n-x(x=h、och3、ch3、sh、nh2、oh等;n≥1)和3’(ch2ch2o)n(n≥1)。

8.根據權利要求1所述的tso,其中所述5’端修飾是核苷酸糖修飾或核堿基修飾。

9.根據權利要求1所述的tso,其中所述5’端修飾包括三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基或補骨脂素。

10.根據權利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾選自由去除3’羥基的修飾和阻斷3’羥基的修飾組成的組。

11.根據權利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少2、3、4、5、6、7、8、9或10個連續的脫堿基位點。

12.根據權利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少5個連續的脫堿基位點。

13.根據權利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

14.根據權利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少一個非天然核苷酸或核苷酸類似物。

15.根據權利要求1所述的tso,其中所述tso在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

16.一種模板轉換寡核苷酸(tso),其包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列,其中所述tso能夠通過與在通過逆轉錄酶的非模板化添加過程中已添加至目標核酸分子的5’端的非模板化核苷酸進行堿基配對而退火,并且其中所述tso進一步包含3’端修飾和5’端修飾中的至少一者。

17.根據權利要求16所述的tso,其中所述3’端修飾選自由去除3’羥基的修飾和阻斷3’羥基的修飾組成的組。

18.根據權利要求16所述的tso,其中所述tso包含選自由以下組成的組的3’端修飾:3’ddt、3’ddu、3’反向dt、3’c3間隔子、3’氨基、被高碘酸鹽氧化的3’ru、3’磷酸化、3’氟代、3’醛、3’羧酸或羧酸酯、3’硫醇基、3’o-甲基、3’疊氮基、3’炔烴、3’烯烴、3’(ch2)n-x(x=h、och3、ch3、sh、nh2、oh等;n≥1)和3’(ch2ch2o)n(n≥1)。

19.根據權利要求16所述的tso,其中所述5’端用化學基團修飾以阻斷多聯化。

20.根據權利要求16所述的tso,其中所述5’端用選自由以下組成的組的化學基團修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補骨脂素。

21.根據權利要求16所述的tso,其中所述5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

22.根據權利要求16所述的tso,其中所述5’端包含至少一個非天然核苷酸或核苷酸類似物。

23.根據權利要求16所述的tso,其中所述tso在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

24.根據權利要求16所述的tso,其中所述tso包含至少一種3’端修飾和至少一種5’端修飾。

25.一種逆轉錄(rt)引物,其包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列,其中所述rt引物包含5’端修飾。

26.根據權利要求25所述的rt引物,其中所述5’端用化學基團修飾以阻斷多聯化。

27.根據權利要求25所述的rt引物,其中所述5’端用選自由以下組成的組的化學基團修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補骨脂素。

28.根據權利要求25所述的rt引物,其中所述5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

29.根據權利要求25所述的rt引物,其中所述5’端包含至少一個非天然核苷酸或核苷酸類似物。

30.根據權利要求25所述的rt引物,其中所述rt引物在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

31.一種從rna模板生成cdna分子的方法,所述方法包括使rna模板與根據權利要求25所述的tso、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶接觸。

32.根據權利要求31所述的方法,其中所述rt引物包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列,其中所述rt引物包含5’端修飾。

33.根據權利要求31所述的方法,其中所述逆轉錄酶選自由以下組成的組:marathonrt或其變體、莫洛尼鼠白血病病毒逆轉錄酶(mmlv?rt)或其變體、鳥類成髓細胞性白血病病毒逆轉錄酶(amv?rt)或其變體、hiv逆轉錄酶(hiv?rt)或其變體、家蠶r2?rna元件逆轉錄酶(r2?rt)或其變體、以及tgirttm或其變體。

34.根據權利要求31所述的方法,其中所述方法包括在選自由以下組成的組的測定中:rt-pcr、qrt-pcr、用于rna結構映射的毛細管電泳(ce)、轉錄組分析、細胞內測序、下一代rna測序(rna-seq)、納米孔測序、pacbio測序、零模式波導測序、cdna文庫合成、cdna合成、或其任意組合。

35.一種用于從rna模板生成cdna分子的逆轉錄測定,方法包括使rna模板與包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列的tso接觸,其中所述tso能夠通過與在通過逆轉錄酶的非模板化添加過程中已添加至目標核酸分子的5’端的非模板化核苷酸進行堿基配對而退火,并且其中所述tso進一步包含3’端修飾和5’端修飾中的至少一者、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶。

36.根據權利要求35所述的方法,其中所述rt引物選自由以下組成的組:dna引物、rna引物、包含至少一個修飾的寡核苷酸的引物、以及根據權利要求10-15中任一項所述的rt引物。

37.根據權利要求35所述的測定,其中所述逆轉錄酶選自由以下組成的組:marathonrt或其變體、莫洛尼鼠白血病病毒逆轉錄酶(mmlv?rt)或其變體、鳥類成髓細胞性白血病病毒逆轉錄酶(amv?rt)或其變體、hiv逆轉錄酶(hiv?rt)或其變體、家蠶r2?rna元件逆轉錄酶(r2?rt)或其變體、以及tgirttm或其變體。

38.根據權利要求35所述的測定,其中所述逆轉錄在包含peg8000的緩沖液中進行。

39.根據權利要求35所述的測定,其中所述逆轉錄在包含licl的緩沖液中進行。

40.一種用于進行從rna模板生成cdna分子的測定的試劑盒,方法包括使rna模板與包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列的tso接觸,其中所述tso能夠通過與在通過逆轉錄酶的非模板化添加過程中已添加至目標核酸分子的5’端的非模板化核苷酸進行堿基配對而退火,并且其中所述tso進一步包含3’端修飾和5’端修飾中的至少一者、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶。

41.根據權利要求40所述的試劑盒,其中所述rt引物選自由以下組成的組:dna引物、rna引物、包含至少一個修飾的寡核苷酸的引物、以及根據權利要求10-15中任一項所述的rt引物。

42.根據權利要求40所述的試劑盒,其中所述逆轉錄酶選自由以下組成的組:marathonrt或其變體、莫洛尼鼠白血病病毒逆轉錄酶(mmlv?rt)或其變體、鳥類成髓細胞性白血病病毒逆轉錄酶(amv?rt)或其變體、hiv逆轉錄酶(hiv?rt)或其變體、家蠶r2?rna元件逆轉錄酶(r2?rt)或其變體、以及tgirttm或其變體。

43.根據權利要求40所述的試劑盒,其中所述試劑盒包含含有peg8000的緩沖液。

44.根據權利要求40所述的試劑盒,其中所述試劑盒包含含有licl的緩沖液。

45.一種減少模板轉換寡核苷酸(tso)的多聯化的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶的反應混合物,

46.根據權利要求45所述的方法,其中所述多聯化減少例如根據參考標準的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

47.根據權利要求45所述的方法,其中所述3’端修飾選自由以下組成的組:3’ddt、3’ddu、3’反向dt、3’c3間隔子、3’氨基、被高碘酸鹽氧化的3’ru、3’磷酸化、3’氟代、3’醛、3’羧酸或羧酸酯、3’硫醇基、3’o-甲基、3’疊氮基、3’炔烴、3’烯烴、3’(ch2)n-x(x=h、och3、ch3、sh、nh2、oh等;n≥1)和3’(ch2ch2o)n(n≥1)。

48.根據權利要求45所述的方法,其中所述tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補骨脂素。

49.根據權利要求45所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

50.根據權利要求45所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

51.根據權利要求45所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

52.根據權利要求45所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。

53.一種減少來自模板轉換寡核苷酸(tso)的非特異性逆轉錄的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶的反應混合物,

54.根據權利要求49所述的方法,其中所述非特異性逆轉錄減少例如根據參考標準的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

55.根據權利要求53所述的方法,其中tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補骨脂素。

56.根據權利要求53所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

57.根據權利要求53所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

58.根據權利要求53所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

59.根據權利要求53所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。

60.一種增加rna-seq文庫中目標多核苷酸序列的產量的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶的反應混合物,

61.根據權利要求60所述的方法,其中所述目標多核苷酸的產量增加例如根據參考標準的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

62.根據權利要求60所述的方法,其中所述tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補骨脂素。

63.根據權利要求60所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

64.根據權利要求60所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

65.根據權利要求60所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

66.根據權利要求60所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。

67.一種增加rna-seq文庫的特異性的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉錄(rt)引物和逆轉錄酶的反應混合物,

68.根據權利要求67所述的方法,其中所述rna-seq文庫的特異性增加例如根據參考標準的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

69.根據權利要求67所述的方法,其中所述tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補骨脂素。

70.根據權利要求67所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個連續的脫堿基位點。

71.根據權利要求67所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

72.根據權利要求67所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

73.根據權利要求67所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。


技術總結
本發明提供用于進行逆轉錄的優化的模板轉換寡核苷酸、方法和試劑盒。所述優化的模板轉換寡核苷酸包括5’端和3’端的修飾以防止多聯體的形成并增強逆轉錄的特異性。

技術研發人員:A·M·派爾,L-T·郭
受保護的技術使用者:耶魯大學
技術研發日:
技術公布日:2025/5/22
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